Núi Thủy Mẫu là một trong những thánh địa Phật giáo cổ nhất ở Vân Nam. Vào năm 813 sau Công nguyên, dưới triều đại của Hoàng đế Hạ Tông nhà Đường, các quan lại của nước Nam Triệu đã yêu cầu xây dựng ngôi chùa này. Thiền sư Phù Tôn Thanh Quang đã dùng gậy đào đất, và "một dòng suối trong vắt phun trào, vì vậy mà có tên là Thủy Mẫu (Mắt Nước)". Vào ngày khánh thành, các lãnh chúa của sáu nước Triệu đã đến chúc mừng. Vào thời kỳ hưng thịnh nhất, nơi đây được cho là có "một nghìn tăng ni". Trong suốt lịch sử, nhiều vị cao tăng nổi tiếng đã cư ngụ tại núi Thủy Mẫu, chẳng hạn như vị trụ trì sáng lập, Thiền sư Phù Tôn Thanh Quang, vào thời nhà Đường; Thiền sư Cảnh Mão Thành vào thời nhà Tống; và các Thiền sư Vũ Vương Ru và Phi Hương Hưng vào cuối thời nhà Thanh. Nhiều thành viên hoàng tộc đã trở thành sư ở đây dưới triều đại của Hoàng đế Lý Quốc. Vị cao tăng nổi tiếng Đan Đan đầu thời nhà Thanh cũng đã cư ngụ ở đây trong một thời gian dài. Từ thời nhà Đường trở đi, các ngôi chùa trên núi Thủy Mẫu đã trải qua nhiều lần sửa chữa và trùng tu, dần dần hình thành một quần thể kiến trúc, bao gồm Thủy Mẫu, Tiên Thiên, Chùa Địa Tạng, Chùa Linh Quang, Sân Tháp, Đình Tam Tiêu, Đình Pilu và Ni xá A Di Đà Phật. Chùa Thủy Mẫu ban đầu được chia thành ba phần: Thượng, Trung và Hạ. Ngày nay chỉ còn lại Hạ Chùa. Nó được xây dựng lại vào năm 1910 (năm thứ hai niên hiệu Huyền Thông của nhà Thanh) và trải qua quá trình trùng tu từ năm 1984 đến năm 1987. Hạ Chùa bao gồm, theo thứ tự, cổng núi, sân tháp, sân trước, điện bên tây bắc và chính điện. Phía bắc và phía nam là khu nhà ở của các nhà sư, lư hương, nhà quản lý, phòng ăn, phòng trà và hội quán. Phía trước Hạ Chùa là hàng chục mẫu đất trồng lê được các nhà sư chăm sóc cẩn thận qua nhiều thế kỷ.