Thành phố tráng lệ này chỉ tồn tại được vài thập kỷ. Sau khi người Tây Ban Nha đến, họ tàn phá và bỏ hoang, dùng đá từ các tòa nhà để xây nhà thờ và nhà ở. Chính quyền Ecuador bắt đầu công tác bảo tồn và khảo cổ học ở Cuenca vào những năm 1970, và đá dần được trả về và lưu trữ trong thành phố. Tuy nhiên, nhiều viên đá tôi thấy có lỗ thủng, do đã từng được dùng làm móng nhà.